目前，肉羊养殖户的生产经营方式仍然采用传统的粗放方式。养殖户的生产规模相对较小，主要以中小规模户和散养户为主体，导致生产经营分散且规范性较差。普通养殖户不仅生产规模小，技术水平也较低，很难灵活调整生产。由于劳动力老龄化程度较高，养殖户对新知识、新技术的采纳意愿和接受能力较低。此外，受草场资源匮乏、草原保护政策以及传统生产方式等因素的制约，养殖户的收入波动较大，并且无法在短期内通过扩大牲畜规模或提高单产等方式增加收入。
畜产品加工水平较低，产业链条较短，产业规模效益尚未显著突出
目前，牧区的畜产品加工企业整体实力较弱，畜牧业全产业链的融合程度也较低。一方面，由于季节性的屠宰需求，导致牧区的屠宰加工企业在一年中有近半年的时间不开工，生产设备利用率低，产能过剩的问题比较突出。然而，如果减少生产线，企业将无法完成当年的订单任务，这将导致企业利润下降，并且对来年的业务往来也会产生影响。
羊肉品牌的建设还有提升的空间，产品市场需要迅速突破
大多数普通食客更倾向于选择价格更低的育肥羊肉和进口羊肉，因此草原羊肉的可替代性较强。品牌知名度普遍较低，大多数地理标志品牌的羊肉产品市场主要集中在内蒙古及周边省市，在全国市场上的竞争力和影响力相对较弱。
我国肉羊种业面临的主要问题和产业技术限制
肉羊品种缺乏：
我国现有的肉羊品种存在生产性能不足的问题，导致生产效率低下。放牧品种肉羊生长缓慢，冬季饲养成本高，繁殖率低，肥尾经济效益差。舍饲品种肉羊产肉率低，饲料转化率低，个体较小。山羊品种个体小，生长缓慢，出栏时间长，羔羊成活率低。
国外引进品种的利用缺乏规划，存在盲目引种的问题。我国过于依赖花费大量外汇引进品种，却忽视了引进品种的选育工作，导致品种退化，肉用性状和繁殖性能下降。这形成了一个恶性循环，即“引进-退化-再引进”，对改良地方低产羊的进展并不明显。
肉羊经济杂交生产体系缺失
在国外，养羊业已经建立了种羊生产、肉羊扩繁和羔羊肥育生产的体系。然而，目前我国大多数产区仍然采用小规模自繁自养的方式进行养羊。
育种方向存在的误区
牧区的主要问题是缺乏科学的选育方案和技术路线，导致近亲繁育、管理粗放、杂交无序和退化等问题严重。农区的主要问题是舍饲肉羊杂交利用体系尚未建立，过度依赖引进品种进行无序杂交。引进国外专门化肉用品种进行先进杂交培育形成的新品种，其生产性能远不及父本，繁殖效率也较低。
我国肉羊育种方向正在逐渐调整。育种是一个专业化程度较高、耗时较长、效果滞后、经济效益持久、企业核心竞争力重要的环节。在市场需求多样化和供给侧结构调整的过程中，符合消费者需求和盈利能力是肉羊品种产生产业价值和社会价值的关键因素。
总之，我国肉羊产业发展面临风险和挑战，国家应建立运行机制和关键技术研发与应用，以应对发展风险和挑战。商业化育种和满足市场需求是育种的重要方向。