1、伴有咳嗽
羊呼吸困难、咳嗽两种症状在多种疾病中可同时或相继出现，临床上如巴氏杆菌病、副流感病毒Ⅲ型感染，山羊传染性胸膜肺炎、非典型性肺炎、氨水中毒，一氧化碳中毒，慢性砷中毒等都具有这些特点，应注意区别诊断。
巴氏杆菌病、非典型性肺炎及副流感病毒Ⅲ型感染，都是热性传染病。巴氏杆菌病和非典型肺炎可能都由溶血性巴氏杆菌引起，前者各种年龄羊均可得病，后者似乎主要发生于羔羊。仅从临床表现，剖检变化是无法区分的，因为溶血性巴氏杆菌可共同产生败血症。副流感病毒Ⅲ型感染远没有巴氏杆菌病症状严重，而且可反复感染，一般仅表现为流涕、流泪、喷嚏及体温轻度升高等症状，常不药而愈。山羊传染性胸膜炎仅发生于山羊。一氧化碳中毒主要发生在育羔阶段，因生火取暖，未及时打开门窗通风所致。而且即使呼吸困难，但可视黏膜极少发绀、发白，多呈樱桃红色，呼吸极度困难，后期可出现昏迷、痉挛和排尿失禁等，病史调查易于识别。慢性砷中毒不仅有咳嗽和呼吸困难，还可出现肢端麻木，头震颤，眼失明及共济失调等神经症状。
2、伴有体温升高的疾病
有巴氏杆菌病、副流感病毒Ⅲ型感染、蓝舌病、链球疽病、气肿疽、恶性水肿、山羊传染性胸膜肺炎、内罗毕绵羊病、炭疽、梭菌性血红蛋白尿、蜱传热及非典型性肺炎。应注意它们间的区别诊断。
羊的巴氏杆菌病、羊炭疽、链球菌病及绵羊快疫等都是急性败血性传染性疾病，发病快，死亡快，多数情况下散在发生。急性病例发病后多数表现咳嗽、呼吸困难，体温升高。其区别是羊巴氏杆菌病大多数冬春季节发病，由于下颌淋巴结肿胀，头颈部皮下可显示水肿，应仔细检查，尤其是绵羊，不可因厚厚的羊毛而掩盖。巴氏杆菌病死亡的羊，尸僵完全，血液凝固完好，血色稍暗。羊炭疽是快速死亡的疾病，体温升高42℃以上，死后迅速臌气，尸僵不完全，血液凝固不良，天然孔流血或血水。面部血管穿刺、涂层染色后，油镜下多数可见炭疽杆菌。羊链球菌病与巴氏杆菌极易混淆，因不仅咳嗽、气喘、体温升高等都是相似的，而且两病均显下颌肿胀，颈部水肿，冬春季流行等特点也是类似的，仅从临床症状很难区别，应采取病羊心血或脏器组织涂片镜检，链球菌病时可看到多呈双球形、有荚膜的革兰氏阳性球菌。绵羊快疫死亡很快，看不出特殊症状，死后尸体很快腐败，膨胀严重，四肢张开，肛门哆开，犹如炭疽。但该病血液凝间，尸僵完全，消化道内有大量气体，剖检可见肝、心如煮熟样。肝触片检查有长丝状或长链状梭菌，亚急性羊快疫尚有疝痛，排粪困难，排黑色稀粪的特征。羊快疫呼吸道症状明显。
蓝舌病、内罗毕绵羊病及蜱传热，都是以昆虫为传播媒介，疾病发生与昆虫的活动有关。即大多发生在夏秋之间。虽然它们有许多共同症状，如咳嗽、呼吸困难、体温升高，但蓝舌病是由库蠓传播，因而温暖潮湿低洼地带发病较多，主要发生于绵羊。内罗毕病是由扇头蜱传播的，而且有双相热型，母羊流产等现象，可作为区别诊断的指标。蓝舌病病羊大多有口腔糜烂现象，口唇充血、出血、肿胀、糜烂，吞咽因难，同时因蹄叉腐烂而跛行，这是其他两病没有的症状。
气肿疽和恶性水肿都是羊肌肉坏死性疾病，都有导致羊发热，呼吸困难、跛行、病程短、死亡快、局部皮肤坏死变黑等特点，但恶性水肿的发生与创伤有关，常发生于去势、分娩、手术、甚至注射之后，因此，气性肿胀大多与伤口的分布有关。而气肿疽则主要发生于肌肉丰满部位，如臀部、大腿等。患部肌肉呈坏疽，黑褐色，压之有捻发音，触之易烂等，易于诊断。
副流感病毒Ⅲ型感染虽有发热、流涕、眼屎、咳嗽等现象，但症状一般较轻，而且可反复感染发病为特点。庆峰老师提醒山羊传染性胸膜肺炎是山羊特有的疾病，不仅表现咳嗽、呼吸困难，而且鼻孔处相继出现铁锈色鼻涕，干涸后形成干痴，贴于鼻唇部。此外，因胸膜炎，其胸壁因疼痛，畏惧触摸和叩击，胸部听诊有摩擦音，X线胸部透视，可见胸腔内有过多的渗出物，胸腔穿刺有黄色液体流出。梭菌性血红蛋白尿，以呼吸困难和血红蛋白尿为主要特征，膀胱内充满血红色尿液，酮体显黄疸色。由溶血性巴氏杆菌引起的非典型性肺炎，虽有发热、呼吸困难，甚至造成羊羔死亡。仅根据临床症状尚难以判断，但剖检变化可见病羊肺前叶肝变、变红、肺有淋巴样结节和细支气管增生及间质性肺炎的特点。