随着我国经济的高速发展，农村经济结构的变化和农村城市化进程的加快，肉牛养殖出现了一些影响产业可持续发展的严重问题，比如价格不稳伤农、生产不规范、环境污染严重、生产效率低下等，那么引起这些问题的深层次原因有哪些呢？
第一，比较效益下降。随着农业机械化对于农民的解放，肉牛养殖在农民致富门路的选择中处于劣势地位。肉牛的生物学特性造成饲养周期长，单位成本投入大。牛是单胎性哺乳动物，受孕率一般为80%左右，一头母牛每年只能产一个犊牛，生长周期长，见效慢，农民不愿意养，购买一头牛的成本投入要5000-6000元，投入成本高，一般农民家庭负担困难。而且饲料价格不断上涨不断压缩肉牛养殖效益。
第二，肉牛养殖技术支撑不足。我国农户饲养肉牛的技术大多靠经验积累，缺乏必要的养殖技术指导，饲养管理也非常粗放，存在着肉牛品种混杂、饲料配方不科学、生长周期长、出栏率低、肉质差、安全无保障等问题，导致养殖效益差，肉牛产品档次低，加工产品档次低。肉牛养殖农民迫切需要大学或研究机构在肉牛品种、安全追溯、饲养、繁殖、疫病防治、牛舍建设、酮体分级等关键技术方面，能够有针对性地解决我国农户养殖生产中存在的技术难题。
第三肉，牛规模化饲养体系尚未形成。国外先进的肉牛生产体系包括种牛、带犊母牛、架子牛、育肥牛饲养、屠宰分割、物流配送、超市消费等产业链环节的有效组织与协调。与猪鸡的规模化经营方式不同，目前我国肉牛生产基本上还是以分散饲养、非定点屠宰和集贸市场销售占主导的方式，无法形成规模化的肉牛生产体系。
第四，牛肉消费市场未形成优质优价的机制。生产牛肉的饲料转化效率显著低于生产猪鸡产品，这就决定了生产相同数量和等级的牛肉成本要显著高于猪鸡产品。在法国，市场牛肉价格通常是等量猪肉价格的3-10倍。但是，我国市场牛肉价格与猪肉价格相差差距不大，这种情况需要通过制订适合中国国情的牛肉酮体分级标准以及实施牛肉优质优价机制来保证。
第五，短期利益以及监管不到位等原因造成质量安全问题突出。无论是瘦肉精、还是注水肉都首先与肉牛养殖户的短期利益有关系，追求一时的短期利益不仅仅危害消费者的利益甚至对产业的长期可持续发展造成严重危害。同时与现有的肉牛监管制度不完善、监管不到位也有直接关系。这在中央电视台焦点访谈节目己经曝光，但是如果不加强立法从源头管理，不加强执法以及惩罚的力度，还很难有效的解决这一问题。