由于市场对资源配置的作用加深，资源组合不断优化，传统畜牧经济的运行规律正在发生变化，市场变化波动的风险更难以捉摸和抵御。
现代畜牧是指在传统畜牧业的基础上发展起来的，以集成当今世界先进的畜牧兽医技术、基础设施完善、营销体系健全，管理科学，资源节约、环境友好的高效畜牧产业。其主要特点是：生产方式规模化、节约化、专业化和工厂化，科技组装密集，投入高，产出高，是解决目前我国畜牧业发展瓶颈的重要途径。但由于我国经济发展正处在调结构、转方式的时期，在市场经济体制下现代畜牧产业发展的体制机制还不够健全，因此，当前我国现代畜牧业发展还面临着许多问题和困难，若不重视和解决必将影响畜牧业健康持续发展，对此，我们深入现代畜牧养殖企业进行了调查研究，经综合分析，现将目前现代畜牧发展面临的主要问题总结如下：
一、要素难保障
土地、资金和人力是畜牧业发展三大基本要素，也是制约当前现代畜牧业发展的瓶颈。在农区畜牧养殖一直被人们当作农业的副业经营，畜牧业用地特别是现代畜牧业发展用地，没有或很少纳入当地经济社会发展的用地规划，因此，地方要大力发展现代畜牧业，圈舍建设用地没地可用。同时，在一些地方还没有将畜牧业发展用地纳入农业结构调整用地管理，临时占用既要审批指标又要变更用地性质，审批环节，步步是困难，层层是关卡，养殖业主望而却步，阻碍了现代畜牧业的发展。制约现代畜牧业发展的另一要素是资金。相对于传统畜牧业的发展来说，现代畜牧业发展需要的启动资金规模较大，业主需要大量从民间和金融机构融资，而现在，当养殖户到商业银行贷款时，信誉贷款不易获得成功，而抵押贷款时，按现行规定活畜、租赁的土地均不能作贷款抵押物，加之畜禽圈舍建设普遍较简易，不太值钱，因此，养殖业主很难用养殖设施设备和土地抵押在商业银行办到贷款。再则，由于养殖业相对其他业态周期长，比较效益低，民间资金很难自动流向现代畜牧业。因此，在现代畜牧业发展中常常看到，有钱修圈舍无钱购种畜禽，有钱购猪又无钱买饲料，出现空心圈;空心场的现象，这都是流动资金不足的表现。还由于养殖人员干的和接触的是脏活、累活，工作时间长，劳动强度大，工作辛苦，待遇低下，养殖企业不容易招到愿意从事养殖的工人。这些问题从不同方面都制约着现代畜牧业的发展。
二、创业型人才难寻找
据调查，当前从事发展现代畜牧的业主大多是过去做工商企业的业主，在他们的企业积累了大量财富需要扩张时，进入了现代畜牧业发展的行列，这些人才已不能满足现代畜牧业持续发展的需求。因此，复合型人才缺乏已成为现代畜牧业发展面临的新问题。首先，受传统种养业思想的影响，过去从事种养业的人员，缺乏现代畜牧产业发展新思想、新理念，不熟悉现代畜牧业发展的运行机制和规律，不敢于面对风险，恐惧风险，缺乏应对风险的能力，不愿意扩大规模发展现代畜牧业。其次，缺乏现代畜牧业发展复合型人才的培养和引进机制。现在已有的畜牧业专业人才绝大多数只懂得常规畜牧兽医技术的推广和应用，缺乏现代畜牧业发展的综合经营能力，很难从学校和机关获得一名现代畜牧业发展的复合型人才。有时寻找一名复合型人才或业主，比引进一个项目或几亿元的资金还要难。现代畜牧业的发展需要更多懂技术、懂管理，特别是具有现代畜牧业发展理念的复合型人才进入生产发展的主战场，以推动现代畜牧业的持续健康发展。
三、畜牧业发展与环境保护难协调
畜牧养殖的污染物排放是导致农村面源污染的主要原因之一。近年来，随着人们环保意识的增强，要求环保养殖的呼声越来越高，要求地方政府设置禁养区，关闭城市郊区和水源地附近大型养殖场的建议越来赿多，有的地方还因畜禽养殖污染酿成了恶性公共卫生事件，造成了极坏的社会影响。而现代畜牧业的发展与传统畜牧业相比具有养殖规模大，污物排放集中，污染治理难度大的特点，同时由于畜禽粪污自身的特殊性，治污后的环境也很难达到群众满意的效果。为此，一些地方政府为了环境达标，完成治污任务，不惜耗费大量的财力物力关闭一些大型的现代化畜禽养殖场，在城市郊区和水源地附近还划定了畜禽禁养区，这些措施都必将阻碍现代畜牧业的持续发展，现代畜牧业发展之路越走越窄，这必然要求畜牧业发展方式的创新和改革。
四、龙头带动作用难发挥
发展现代畜牧业的现时意义之一就是要解决农村由于养殖效益低下无人养殖，保持畜牧业持续发展，确保市场供应的问题。而现有的现代畜牧养殖企业带动作用弱，没有把当地老百姓发展畜牧业的积极性带动起来。其原因：一是由于现在已经发展起来的畜牧龙头企业，其投资多是从商业资本中抽出的资金来发展，要求流动快，回报率高，企业的社会责任意识不强，在与当地养殖户打交道中，总想从养殖户那里赚到很多钱，所签协议对养殖户强加的经济义务过多，结果损害了老百姓的利益，伤了老百姓的心，他们不愿和现代畜牧养殖企业合作，养殖户不愿接受带动。二是一些养殖户不了解现代畜牧业发展规律和市场经济要求，弃协议而不顾，选择利己条款履行，随意违约，损害龙头企业的利益，企业无法带动其养殖生产。三是地方政府没有完全落实龙头企业的扶持政策，企业带动农户的效益得不到补偿，龙头企业缺乏带动当地老百姓发展现代畜牧业的主动性和积极性。
五、市场波动难预料
由于市场对资源配置的作用加深，资源组合不断优化，传统畜牧经济的运行规律正在发生变化，市场变化波动的风险更难捉摸和抵御，比如畜禽肉食品市场出现的旺季不旺、淡季不淡的现象，就表明了市场变得复杂和无常。
同时，我国从2013年9月起放开了自动进口猪肉、牛肉、羊肉和鸡肉的进口管理，这使国外畜禽肉食品经营企业进入我国市场的条件更加宽松、便利。这一方面为国内市场肉食品供应提供货源，但一方面也为境外经营商提供了更大的投机性。市场肉品价格变化的频率将会加快，由于畜禽养殖的周期远比其肉食品价格变化的周期长，国内养殖业将在某些时间段内受到价格涨跌的影响，挫伤业主的发展积极性，这更增加了活畜禽市场市场的不可预测性，因此，发展现代畜牧业的市场风险增大，市场波动更难抵御。
发展现代畜牧业是破解我国当前畜牧业发展瓶颈的重要途径。面对目前存在的问题我们要高度重视，积极研究解决这些问题的新机制和新方法。认真贯彻落实国家扶持发展现代畜牧业的各项政策;明确土地使用性质，真正把畜牧业用地纳入农业结构调整用地管理，允许商业资本投入发展现代畜牧业，加强业主的培训和教育，增强其发展市场经济的本领，提高其发展信心和应对风险的能力;制订优惠政策吸引有识之士，领头发展现代畜牧业龙头企业，带动当地老百姓养殖致富，让他们在发展现代畜牧业中建功立业，从而推动现代畜牧业的持续健康发展。(中国畜牧业)