在微生物发酵饲料过程中,有益菌迅速大量繁殖,通过竞争抑制病原或有害微生物的增殖,调节肠道微生物菌群平衡。微生物发酵过程中还能代谢产生植酸酶、淀粉酶等消化酶和水解酶,合成B族维生素,将蛋白质降解成小分子肽或胨,从而提高饲料的消化利用率。
乳酸菌能产生乳酸菌素和大量有机酸等,同时形成厌氧环境,抑制大肠杆菌等致病菌的增殖。乳酸菌固态发酵饲料过程中，乳酸菌急剧增殖，乳酸大量产生，迅速降低体系pH，抑制其他细菌的活动，乳酸菌代谢除了乳酸等有机酸，还可产生一些具有抑菌或杀菌作用的细菌素(bacteriocin)，水生动物饲喂乳酸菌发酵饲料，有以下四个优势：
第一、可以提高饲料的消化和利用率；
乳酸菌发酵之后会产生大量的乳酸，而乳酸可以促进水生动物对饲料的消化，增强水生动物的食欲，饲料利用率大大提高。
2、水生动物抗病力大大提高，动物健康程度高；
饲料经过乳酸菌发酵后，呈酸性，可大大降低沙门氏菌、大肠杆菌等有害菌的数量，提高饲料的安全性；发酵饲料可以抑制水生动物肠道中的有害细菌，增强水生动物的抗病能力。
3、大大减少粪便在水体中产生有机质而引起的坏底；
饲喂乳酸菌发酵饲料后，水生动物肠道中的有害物质被乳酸分解，水生动物的粪便中减少了有害物质，那么可以大大减少粪便在水体中产生有机质而引起的坏底。
4、提高水生动物的生长速度，降低生产成本。
使用乳酸菌发酵饲料可以提高水生动物的采食量，后期水生动物生长的相对就比较快，缩短了养殖周期，水生动物可以提前上市。这样不仅降低了成本，而自己提前上市的水生动物还可以卖个好价钱。
综上所述，乳酸菌发酵饲料用于水生动物养殖，不仅具有成本低、综合效果好、易操作的优势，同时符合畜牧业发展的要求，是在“禁抗”、“减抗”背景下提高水生动物养殖效果、保障动物健康的可靠选择之一。